Oi, João Paulo! Tudo bem?
A resposta é simples: Não, você não precisa de mais de um passaporte, mas precisará de visto parar a Rússia. É uma dúvida comum, eu diria.
Todas as vezes que você obtém um passaporte brasileiro, você passa a dispor de 28 páginas para solicitar quantos vistos quiser, e para receber quantos carimbos lhe forem impostos, também. Isso equivale a dizer que, se você precisa ir aos EUA e ao Canadá, você pode, sim, ter os vistos de ambos num passaporte só.
Na sua viagem, ao chegar à Alemanha, vão carimbar seu passaporte. De lá, você pode ir a qualquer país da Zona Econômica Europeia (que inclui todos os membros da UE, mais Suíça, Islândia, Noruega e Liechtenstein) sem precisar passar pelo controle de passaportes de novo.
O problema é ir à Rússia... Você precisa solicitar um visto. Primeiro, preencha o formulário que você encontra em http://www.brazil.mid.ru/0img/FORMULARIO.doc. Depois, vá até o consulado mais próximo (Brasília, São Paulo ou Rio de Janeiro) e entregue a solicitação, junto com todos os comprovantes possíveis - reservas aéreas, hotel, convites, seguros etc. A taxa você encontra no site da Embaixada, logo abaixo. Seu visto pode ficar pronto na hora, se você estiver disposto a pagar.
Boa viagem, aproveite a Europa!